昌都市坐落在群山怀中，它被称作从四川和云南入藏的门户。昌都是藏语，其意为“水汇合处”。扎曲和昂曲在昌都相汇为澜沧江，这也是昌都这一名称的由来。
昌都古称“康”或“客木”，以区别于卫、藏、阿里等地区。昌都具有悠久的历史，1977年和1980年相继发现的新石器时代遗址——昌都卡若遗址和昌都小恩达遗址表明，早在五千年以前，昌都就已有人类繁衍生息，并已形成了初级村落。当地的居民已开始种植易于生长的谷子，饲养适应性广泛的家畜猪，同时也以狩猎狐、青羊、马鹿等作为补充。昌都的察雅一带是藏族史诗《格萨尔王》中《桨巴》所记述的格萨尔与“炯巴”人为争夺食盐而发生交战的地区。按照藏族传统的地理概念，这里同时是“朵康六岗”中的察瓦岗，系有名的产盐之地。考古发现与实地调查，也可以发现不少当地居民传说是“炯巴”人留下来的石墙、石阶等建筑遗址。
吐蕃时期（公元7－9世纪），昌都是著名的“东女国”和苏毗王国的所在地。据《旧唐书》第一百九十七卷《南蛮西南蛮传》 记载：“东女国，西羌之别称，以西海中复有女国，故称东女焉。俗以女为王。东与茂州、党项接，东南与雅州接，界隔罗女蛮及百狼夷。其境东西九日行，南北二十二行。有大小八十余城，其王所居名康延川，中有弱水南流，用牛皮为船以渡。”我国著名藏学家任乃强先生考证也称，今昌都一带为东女国的政治、经济、文化中心。在昌都还可以看到吐蕃东女国和苏毗王国文化的痕迹。
公元13世纪，元朝在昌都和四川甘孜设置了朵甘思宣慰司都元帅府。
明朝时藏传佛教格鲁派兴起，其影响逐渐深入康区，在昌都形成若干呼图克图一大活佛转世系统。明朝政府在此设置了朵甘都指挥使司，委任各地的部落酋长和各大头人与寺庙的大喇嘛管理。明（1368－1644年）末蒙古和硕特部固始汗白利土司后，昌都也受固始汗的统治。
清朝（1616－1911年）在这个地区封委了一些大活佛和土司各辖其地，受驻藏大臣和达赖喇嘛的管理。清朝还在昌都设立了粮站，委派粮台、游击等文武官员驻守昌都，并从四川、云南派有制兵130名驻扎昌都，传递谕旨奏折，保护昌都寺大活佛和粮台。清末赵尔丰在昌都地区的一些地方实行改土归流，昌都地区改称川边。
民国（1912年）以后，是西康省的一部分。
1918年西藏地方政府将其改称为朵麦地区，设立了“朵麦基巧”，划昌都为25个宗。
1951年1月，昌都解放委员会成立，并下设3个管辖区，即昌都解放委员会直辖13个宗、三十九族地区第一办事处所辖10个宗和波密地区第二办事处所辖3个宗及盐井、察隅共28个宗，直属中央人民政府政务院管辖。
1956年4月西藏自治区筹备委员会成立后，昌都地区则划规其管辖，1960年初设昌都专员公署。地区行署驻昌都镇。
2014年10月，国务院批复撤销昌都地区和昌都县，设立昌都市和卡若区，以原昌都地区的行政区域为昌都市的行政区域。